La comptabilité d'un cabinet de physiothérapie, de la facture patient à la clôture

Un cabinet de physiothérapie indépendant cumule deux mondes administratifs qui ne se parlent pas. D'un côté la facturation des soins, avec ses codes, ses assureurs et ses délais. De l'autre la comptabilité de l'entreprise, avec ses justificatifs et sa clôture annuelle. Cette page prend le cabinet dans l'ordre où les choses arrivent, du premier patient à l'exercice bouclé.

Un cabinet seul tombe presque toujours du côté simple de la loi

La plupart des cabinets de physiothérapie indépendants réalisent moins de 500 000 francs de chiffre d'affaires. Ils relèvent donc de l'art. 957 al. 2 ch. 1 CO et « ne tiennent qu'une comptabilité des recettes et des dépenses ainsi que du patrimoine ». Ni bilan au sens du Code des obligations, ni annexe, ni rapport de gestion.

Le détail du régime et du seuil est expliqué dans le guide sur les obligations comptables d'un indépendant en Suisse. Retenez simplement ici que la simplicité porte sur la forme, pas sur la rigueur : le principe de régularité s'applique par analogie (art. 957 al. 3 CO).

La facture patient est une pièce comptable, et une pièce réglementée

L'art. 42 al. 3 LAMal impose au fournisseur de prestations de remettre au débiteur de la rémunération « une facture détaillée et compréhensible », avec toutes les indications permettant de vérifier le calcul de la rémunération et le caractère économique de la prestation. Cette facture est aussi votre justificatif de recette au sens de l'art. 957a al. 2 ch. 2 CO. Une seule pièce, deux fonctions.

Qui la paie dépend du système. En tiers garant, le patient est le débiteur et se fait rembourser ensuite par son assureur. En tiers payant, c'est l'assureur qui vous paie. La différence n'est pas cosmétique du point de vue comptable, et elle est détaillée dans le guide sur le tiers garant et le tiers payant.

Suivre les factures ouvertes, sinon rien ne tient

Le point douloureux d'un cabinet n'est pas la saisie, c'est le suivi. Une séance facturée en mars et payée en juin traverse deux relevés bancaires et parfois deux rappels. Si vous n'avez pas la liste des factures émises, le montant reçu sur le compte ne vous dit rien.

Concrètement, il faut pouvoir répondre à tout moment à trois questions : combien ai-je facturé, combien a été encaissé, combien reste ouvert et depuis quand. Le patrimoine à la clôture, exigé par l'art. 957 al. 2 CO, contient précisément cette troisième réponse.

Les charges d'un cabinet, et ce qui se déduit

La règle est celle de l'art. 27 al. 1 LIFD : les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante « peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel ». Le loyer du cabinet, le matériel de traitement, le linge, les assurances professionnelles, les cotisations à votre association, la formation continue du personnel, les intérêts des dettes commerciales relèvent de cette règle.

Ce qui ne se déduit pas est tout aussi explicite : l'art. 34 let. a LIFD exclut les frais d'entretien du contribuable et de sa famille, « y compris les dépenses privées résultant de sa situation professionnelle ». La liste complète, avec les cas mixtes du véhicule et du local à domicile, est traitée dans le guide sur les frais professionnels déductibles.

La TVA : le cabinet est le plus souvent hors du champ

L'art. 21 al. 2 ch. 3 LTVA exclut du champ de l'impôt les traitements médicaux dispensés notamment par des physiothérapeutes, « si les prestataires de ces services sont détenteurs d'une autorisation de pratiquer ». L'art. 35 OTVA précise cette condition et cite expressément les physiothérapeutes parmi les professions du secteur de la santé.

Attention aux activités annexes : la vente d'appareils orthopédiques ou de prothèses reste imposable selon le même chiffre 3, et l'art. 34 al. 3 let. a OTVA sort du traitement médical ce qui vise uniquement à accroître le bien-être ou les performances. Un cours de groupe qui n'est pas un traitement n'est pas couvert par l'exclusion. Le détail du seuil et des exceptions est dans le guide sur la TVA des professions de la santé.

L'AVS, et l'acompte qui dérape

Vos cotisations AVS, AI et APG d'indépendant sont d'abord perçues sous forme d'acomptes fondés sur une estimation, puis recalculées sur le revenu réel une fois la taxation fiscale transmise à la caisse de compensation. Le décalage produit des rattrapages qui tombent un à deux ans plus tard.

La parade n'est pas comptable, elle est informationnelle : savoir où en est votre revenu de l'année permet de demander un ajustement d'acompte avant que l'écart ne se creuse. Le calcul officiel des cotisations se fait avec les modules de calcul d'ahv-iv.ch, pas avec votre logiciel de comptabilité.

La clôture d'un cabinet, en pratique

À la fin de l'exercice, vous devez pouvoir produire l'état des recettes, celui des dépenses, celui du patrimoine, ainsi que les prélèvements et apports privés que réclame l'art. 125 al. 2 let. b LIFD. S'y ajoutent les amortissements du matériel et le sort des factures encore ouvertes.

La liste de contrôle complète, étape par étape, est dans le guide sur la clôture d'exercice d'une raison individuelle.

Questions que l'on nous pose

Un cabinet de physiothérapie doit-il tenir une comptabilité en partie double ?

Pas en dessous de 500 000 francs de chiffre d'affaires au dernier exercice. L'art. 957 al. 2 ch. 1 CO n'impose alors qu'une comptabilité des recettes et des dépenses ainsi que du patrimoine. Rien n'empêche de tenir davantage, mais la loi ne l'exige pas.

Les séances facturées mais pas encore payées comptent-elles dans l'exercice ?

Elles font partie du patrimoine à la date de clôture, au titre des créances ouvertes, que l'art. 957 al. 2 CO demande d'établir. La question de savoir si la recette est rattachée à l'exercice de la facture ou à celui de l'encaissement dépend de la méthode retenue et se discute avec votre fiduciaire.

Dois-je facturer la TVA sur mes séances ?

Les traitements médicaux dispensés par un physiothérapeute détenteur d'une autorisation de pratiquer sont exclus du champ de l'impôt (art. 21 al. 2 ch. 3 LTVA, art. 35 OTVA). La vente d'appareils orthopédiques ou de prothèses reste imposable, et les prestations qui ne sont pas des traitements médicaux au sens de l'art. 34 OTVA non plus.

Les sources, pour vérifier vous-même

Chiffres et textes relevés le 21.09.2026.

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